Rektori i Universitetit të Tiranës ka çelur dhjetra vatra konflikti gjatë vitit 2017-2018 me drejtues të tjerë të këtij universiteti, duke nisur që nga administratori, kancelari, senati akademik, dekanët etj. Në raportin auditues të Ministrisë së Arsimit flitet ndër të tjera dhe për konfliktin mes rektorit Koni dhe administratorit të këtij universiteti. Me shkresën nr.467/1, datë 31.01.2018 drejtuar rektorit, Administratori ka kërkuar marrje informacioni për çështjet gjyqësore, dhe në përgjigje, me shkresën nr.467/2, datë 21.2.2017 të Rektorit, nuk jepet informacion por nuk ngarkohet as ndonjë strukturë në Rektorat për dhënien e këtij informacioni të kërkuar nga administratori. Për më tepër në këtë shkresë i kërkohet të përcaktohet baza ligjore që i njeh të drejtën apo detyrimin për t’u marrë me shërbimin juridik. Grupi i punës konstaton se kjo tipologji korrespondence jo vetëm nuk i shërben bashkëpunimit midis autoriteteve drejtuese, por pengon këtë bashkëpunim që aktualisht është i cenuar.
Baza ligjore
Në bazë të nenit 51 të ligjit nr.80/2015, Administratori është autoriteti më i lartë administrativ dhe përgjegjës për mirëfunksionimin financiar si dhe përfaqësues ligjor i IAL dhe si i tillë ka detyrim ligjor për të përfaqësuar institucionin në çështjet gjyqësore me karakter administrativ-financiar. Gjithashtu, e drejta për të marrë këtë informacion i takon administratorit dhe në bazë të pikës 18, të Udhëzimit nr.27, datë 29.12.2017 “Për strukturat e brendshme akademike dhe administrative në Institucionet e Arsimit të Lartë”, ku parashikohet se struktura juridike, Burimet Njerëzore, arkiv protokollit dhe IT në nivel institucioni dhe njësi kryesore ushtrojnë veprimtarinë e tyre në funksion të të të gjithë strukturave administrative është në varësi të Administratorit të IAL.
Auditimi
Më 21 shkurt 2018 Ministria e Arsimit, Sporteve dhe Rinisë urdhëroi nisjen e auditit në Universitetin Publik të Tiranës, që drejtohej nga Mynyr Koni. Një grup prej 5 ekspertësh financiarë dhe juristë shkuan si përfaqësues të ministrisë në universitet për të kryer verifikime për procedurat e administrimit akademik dhe financiar të UT. Auditi erdhi pas skandalit të mungesës së fondeve për të paguar rrogat e pedagogëve, që shkaktoi një stuhi të madhe mediatike dhe akuza të stafeve akademike ndaj qeverisë se po linte pa bukë pedagogët. Procesi i verifikimit që zgjati 10 ditë u pasua nga një raport përfundimtar prej 36 faqesh ku viheshin në pah gjetjet kryesore: shkeljet juridike dhe abuzimet e mëdha financiare nga rektori Mynyr Koni dhe të dekanëve të fakulteteve të Tiranës. Audituesit Alqi Kushi, Mirela Bimo, Jeton Shehu, Iva Beliu dhe Bledar Biçoku konstatuan se në Universitetin e Tiranës kishte problematika të administrimit të brendshëm, kryesisht nëpërmjet bllokimit të procedurës së brendshme të protokollimit, delegimit dhe vulosjes se praktikave shkresore, duke sjellë konfuzion në ushtrimin e funksioneve nga të gjitha organet dhe autoritetet drejtuese të këtij institucioni. Sipas projekt-raportit rezultoi se rektori kishte mosmarrëveshje pothuajse me të gjithë administratën, përfshirë drejtuesit e njësive kryesore, ish-kancelarin dhe administratorin e ri, siç konfirmohej nga procesverbalet e mbledhjeve të organeve kolegjiale, por dhe nga korrespondencat zyrtare midis autoriteteve drejtuese akademike. Në raport rezultonte se kishte pretendime për procedurat e punësimit të personelit akademik, mbi kompetencat ndaj personelit administrativ, mbi pezullimin nga detyra të ish-Kancelarit të UT, Robert Skënderi, mbi varësinë e strukturave, midis Rektorit dhe Bordit të Administrimit apo Administratorit, në protokollimin e shkresave zyrtare të nxjerra nga autoritetet dhe organet drejtuese të UT dhe përdorimit të vulave nga organet drejtuese në Rektorat. Ministria e Arsimit shprehej se rektori Koni mori nën kontroll fizik dhomën e serverit, se rektori bënte prokurime për moblije, apo për ruajtje fizike, në shuma të mëdha, duke bashkëpunuar edhe me dekanë etj.